A lo largo de la historia, los Huni Kuin han experimentado cambios significativos debido al contacto con caucheros peruanos y seringueiros brasileños a finales del siglo XIX y principios del XX. Este contacto fue a menudo violento, resultando en explotación y enfermedades que diezmaron sus poblaciones. La llegada de los caucheros y seringueiros alteró dramáticamente su modo de vida, forzando migraciones y reasentamientos.
Durante el siglo XX, muchos Huni Kuin se trasladaron entre Brasil y Perú en respuesta a la explotación y las condiciones de vida bajo el sistema de seringa. Aldeas como Balta y Conta en Perú se establecen como nuevos centros comunitarios, atrayendo a Huni Kuin tanto del lado brasileño como del peruano.
El chamanismo juega un papel central en la vida espiritual de los Huni Kuin. Aunque afirman que los chamanes más poderosos (mukaya) han desaparecido, continúan practicando formas de chamanismo menos intensivas pero igualmente significativas. Todos los hombres adultos participan en ceremonias de ayahuasca para interactuar con el "mundo del cipó" y con los yuxin (espíritus o almas).
El concepto de yuxin es fundamental en su cosmovisión, representando la fuerza vital que permea a todos los seres vivos. El chamanismo Huni Kuin se basa en la comunicación y la mediación con estos espíritus para mantener el bienestar de la comunidad.
A pesar de la influencia de la modernización y el contacto con la sociedad nacional, los Huni Kuin han realizado esfuerzos significativos para preservar y revitalizar sus tradiciones culturales y espirituales. Esto incluye el mantenimiento de prácticas ceremoniales, el uso de su idioma y la transmisión de conocimientos tradicionales a las nuevas generaciones.
Los Huni Kuin han navegado una historia compleja de contacto y resistencia, adaptándose a cambios drásticos mientras preservan su identidad y prácticas espirituales. Su chamanismo sigue siendo un pilar de su cultura, asegurando la continuidad de sus costumbres y su cosmovisión en el contexto contemporáneo.